2005年9月，为推进通识教育，复旦学院正式成立。经过十年的建设，学校形成以核心课程为主轴，以住宿书院制和导师制为辅翼的通识教育培养体系。2012年9月，在原复旦学院、教务处等机构的基础上，复旦成立了新的复旦学院，即本科生院。学校实行住宿书院制度，致力于为学生构建贯穿本科教育的书院生活，相关工作由复旦学院与党委学生工作部共同参与推进。

书院的功能定位于构建文化育人的住宿园区、师生共享的公共空间、学生自我管理的教育平台。借鉴西方住宿学院制度，传承中国古代书院的精神，发扬复旦历史文化特色，新复旦学院共有五大书院，各书院配备专职导师等，设有学生组织，并拥有独立的公共空间。书院文化各具特色，活动丰富，是学校实现通识教育理念的重要组成部分。